Jan Zajíc z Házmburka a Budyně měl poručníky ještě v roce 1507. Na jejich žádost udělil král Vladislav II. Jagelonský městečku Libochovice výsadní listinu na osmidenní výroční trh první středu po provodě a středeční týdenní trh.
9.února roku 1517 již zletilý Jan Zajíc vystavil obyvatelům městečka Libochovice řemesel krejčovského, soukenického a postřihačského výsadu .
Přestože Jan Zajíc sídlil v nedaleké Budyni, velice se zajímal o Libochovice. V roce 1538 se přimlouval za jakéhosi Jakuba Žida z Libochovic. Tento list je dokladem o prvním osídlení Libochovic židovským obyvatelstvem.
Jan Zajíc, který byl přítelem umění a důkladných staveb, nechal znovu vystavět kostel Všech svatých, pravděpodobně již z kamene, a ke kostelu nechal postavit věž o čtvercovém základu cca 7m širokém, nad jejíž vchodem z pravoúhlého neprofilovaného ostění se dosud nachází letopočet 1541, za vchodem se nachází schodiště a dole jsou prolomena malá obdélníková okénka. V jedné třetině věže se zachoval erb pánů Zajíců z Hasenburga. Okolo kostela byl zřízen hřbitov, kde se pohřbívalo až do roku 1583.
V roce 1541 2.června shořely nešťastnou náhodou zemské desky, a tak díky tomu si v nově založených deskách můžeme přečíst rozlohu celého Libochovicko - budyňského panství.
Přestože ještě děd Jana Zajíce sídlil na libochovické tvrzi, je již v roce 1550 tvrz, pro svoji velikost zvaná zámek, již opuštěná. Není nám však známo, zda byla zbořena, či jen neobývaná.
2.října roku 1553 Jan Zajíc z Házmburka umírá. Zanechal po sobě čtyři syny, Václava, Mikuláše, Jiřího a Kryštofa. Městečka Libochovice se však dotýká pouze Kryštof, který si nechal zapsat svůj dědický podíl.
Kryštofovo dědictví po otci je skutečný základ Libochovického panství. V samotných Libochovicích byl kromě kostela, fary, pustého zámku (tvrze) a hospod, ještě mlýn, který stál pod tvrzí na nyní bývalém nábřeží řeky Ohře. (Dnes je zde stará zámecká vodárna).
Kryštof Zajíc přesídlil do Libochovic, kde vlastnil dům (čp.86) zvaný Zelená hora ( hotel Černý orel) pravděpodobně již v roce 1553.
Okolo roku 1555 byla na rozkaz Kryštofa Zajíce prokopána tzv.Malá Ohře používaná jako náhon k budyňskému mlýnu. Říčka se zachovala podnes.
Z roku 1556 se nám zachovaly první jména libochovických konšelů: rychtářem byl Václav Kunatko, konšelé Oldřich Ježiškovic, Jan Nerad, Valentín Kacíř, Jan Ocásek a Jan Šimon.
V roce 1557 odkázal jakýsi Wolf Fuxa k Božímu domu na stavbu špitálu pro chudé 100 kop míšenských. Peníze byly později uloženy u Kašpara Smetany, úředníka pánů z Lobkovic, aby je dle potřeby vyplatil.
Panování Kryštofa Zajíce z Házmburka na Libochovicích netrvalo dlouho. Dne 7.října roku 1558 prodává panství i s  hradem Házmburkem po 222 letém rodovém vlastnictví pánu Janu nejstarší z Lobkovic.
Jan nejstarší z Lobkovic, nový majitel libochovického panství své nové panství rozšířil dne 17.března roku 1564 o majetek Jiřího Zajíce z Házmburka.

Libochovice samotné nebyly v podobě, jaké je Jan z Lobkovic zakoupil , hodny vysokého postavení svého majitele. Ten již v roce 1560 započal s přestavbou zpustlé tvrze na renesanční zámek. Z počátků stavby pochází nejstarší pamětní deska umístěná nyní na zdi zámecké vodárny, původně byla umístěna ve zdi mlýna pod zámkem. Na desce je nápis:
"R. 1560. na den sv. Prokopa Anna Lehňovská zabita kamenem z hradu. Prosí za její duši."
Tato událost se stala pravděpodobně při bourání hradeb staré tvrze pánů Zajíců z Házmburka, při přestavbě na renesanční zámek dne 4.července roku 1560.

Nejen počátek stavby zámku, ale i další událost svědčí o velikém zájmu Jana nejstaršího z Lobkovic o své panství. Velice důležitá listina pochází ze 7.srpna roku 1560. Císař Ferdinand I. na žádost Jana nejstaršího z Lobkovic povyšuje městečko Libochovice na město.
Město si zachovává svůj znak pocházející z dob pánů Zajíců z Házmburka. Sedící stříbrný zajíc v hraběcí korunce v modrém poli. Výsadou z roku 1560 město obdrželo právo pečetit červeným voskem (dříve se pečetilo zeleným a právo volit purkmistra a 12 konšelů. Z těchto časů se nám zachoval městský manuál obsahující kupní smlouvy o domech a jiné záležitosti a spolu s ním prý ještě stará kniha zvaná “Házmburská”, která se však ztratila.
V roce 1560 měly Libochovice již 2 jarmarky.
Ve spisech církevních se nachází stížnost libochovického faráře Jana Jonáše z Velryby k arcibiskupu Antonínovi z Mohelnice datovaná 13.října roku 1565.
Z dopisu je zřejmé, že odcházející kněz Jan Jonáš z Velryby vedl spor s konšeli města Libochovice o přiznání desátku, který mu podle jeho slov “v polovici patřil”. Konšelé mu ovšem nechtěli dát nic, navíc chtěli polovinu toho co již v Libochovicích vydělal. Spor se nevedl jen s městem, ale i s vrchností, kdy farář zakoupil dřevo od libochovického mlynáře Vavřince a jak sám Jonáš uvádí “nějakou hrst dříví sobě jeho vlastní z jiných lesův mimo panský lesy svezené a koupené koupil těž i to dříví JM pán zbraňovati mi ráčí, nevím proč…” Zda nakonec farář svoji při vyhrál není známo.
21.listopadu roku 1567 přísedící na rychtě Ondřej Ježíšek dal Božímu domu křížek ze stříbra se svatými ostatky v aksamitovém měšci, (pacem), pod podmínkou, že jestliže by si jej chtěl Libochovický farář Jiří Řadoch vyzvednout, musí na Libochovickou záduši složit 2 kopy 44 grošů a 5 denárů. Pakliže by tak neučinil, nemá mu být vydáno. (Není zjištěno zda tak učinil).
6.června roku 1569 umírá na svém zámku v Libochovicích Jan nejstarší z Lobkovic. Pochován je v Praze v chrámu sv.Víta. Panství zdědil jeho syn Jiří Popel z Lobkovic.
V roce 1570 v pátek “po Božím těle” koupil pan Jiří z Lobkovic dům v Libochovicích a čtvrt dědiny půdy u Libochovic i s osetím Václavovi kuchařovi od Reginy Fuxové za 150 kop míšenských.
5.října roku 1583 prodává město kus lada libochovickým židům na zřízení hřbitova.
Tento obchod byl pro Libochovice velice výhodný, neboť židé museli každý půlrok (o sv.Jiří a sv.Havlu) zaplatit 12 grošů míšenských a půlroční úrok libochovickému faráři. Navíc měl každý žid, který nebydlel v Libochovicích a chtěl být na hřbitově pohřben, zaplatit místnímu faráři 10 grošů míšenských.
13.července roku 1585 si vyměnil Václav Kunatko svůj statek v Radovesicích, s povolením Jiřího Popela z Lobkovic, tedy 2 lány a 3/4 dědiny, za statek svého syna Jakuba v Libochovicích s 5/4 dědiny.
29.dubna roku 1588 úředník pana Jiřího Popela z Lobkovic Kašpar Smetana dal gruntovní peníze z domu Jana Hrušky na výpomoc obci k postavení lázní (10 kop míšenských) a k záduši na opravu zdi okolo hřbitova u kostela Všech svatých (také 10 kop míšenských), které “se hned, jakž Salomena sirotek nebožtíka Šťastného svou summu vybere, klásti mají.”
V roce 1589 byly podle zápisů jezuitského řádu celé Libochovice obráceny zpět na katolickou víru. Na oslavu této události byly postaveny dvě Boží muka. První stály za kostelem sv.Vavřince a postaveny byly na náklady faráře Jana z Vinoře a purkmistra Václava Kunatky. Nápisy jsou již zcela nečitelné, ale A.Kaubek je uvádí takto:
Na přední straně:
„Presbyter haec primasque, fides quos jungit avita, Vivificae statuunt vota trophea cruci."
Po česku:
„Slibnou primas a kněz, zděděná jež spojuje víra, Zde živottvornému kříži trofeji kladou."
Na straně východní a severní tohoto sloupu se čte „Leta 1589 tato Boží muka ke cti a chvále Boží od ctihodného kněze Jana z Vinoře, faráře v městečku Libochovicích, a slovutného muže Vácslava Kunatky, měšťana a primasa tohož města, nákladem společným jsou postavena byla."
Druhá Boží muka byla umístěna na rozcestí cest na Jiřetín a Klapé. A.Kaubek uvádí:
“…..nápis nyní již docela setřený:
„Leta 1589 tato Boží muka od slovutného muže Melichara Tkadlce, obyvatele města Libochovic, ke cti a chvále Boží jsou postavena byla."

9.března roku 1590 prodali purkmistr a konšelé města obecní kovárnu, umístěnou na radovesické straně města, za 90 kop míšenských Šimonu kováři.
1.května roku 1591 koupil Tomáš Rabuský dům Šimona Žida, mezi domem Kašpara Kunce a školou (Kaplanka).
V roce 1591 uděluje Jiří Popel z Lobkovic měšťanům právo svobodného nakládání s majetkem, vaření bílého a ječného piva bez nutnosti žádat vždy při změně vrchnosti znovu o povolení a potvrdil, že na přikoupených lánech od vesnic Duban a Klapého platí stená práva jako na ostatních pozemcích.
K roku 1591 se vztahuje další neméně důležitá událost, mající vliv na Libochovice. V tento rok Jan Popel z Lobkovic zakládá v Chomutově Jezuitskou kolej, pod kterou dává veškeré patronátní práva všech kostelů, které mu patří. Do desek zemských byla zanesena po schválení císařem Rudolfem II.dne dne 25. ledna 1592. Na Libochovice se vztahuje hlavně článek 6.této listiny.

Velice dobře se rozvíjející postup Jiřího z Lobkovic a vzestup města Libochovice osud změnil v roce 1593, kdy ve funkci nejvyššího hofmistra zatoužil Jiří po uvolněném místě nejvyššího purkrabího království Českého. Mocné intriky ho dovedly tak daleko, že upadl v nemilost u císaře Rudolfa II. 20.ledna roku 1594 jej císař zbavil úřadu, 29.dubna jej dal císař hlídat a 28.prosince téhož roku jej uvěznil na Kladském zámku, kde 28.května roku 1607 Jiří Popel z Lobkovic zemřel.
V roce 1594 na základě odsouzení propadl veškerý majetek Jiřího Popela Královské komoře. Je samozřejmé, že mezi zkonfiskovaným majetkem bylo i libochovické panství.
Komora královská chtěla Libochovické panství prodat nekatolickému pánu Tiburcímu Žďárskému ze Žďáru. Proti tomuto rozhodnutí se zdvihla silná vlna nevole. Arcibiskupu Zbyňkovi Berkovi z Dubé byly adresovány stížné dopisy, datované rokem 1595, nejen od farářů Libochovického panství, ale i od konšelů města.
Konec 16.století znamenal pro Libochovice nejistotu jak s panstvím císař Rudolf II. naloží. Mnoho lidí si jistě tehdy kladlo otázku jaké bude století následující ?

zpět        vpřed