Farní kostel v Klapém byl pravděpodobně postaven ještě za života Zbyňka Zajíce z Házmburka v roce 1365, z kteréhožto roku pochází první zmínka o farnosti. Je však možné, že na jeho místě stával již dříve dřevěný kostelík. Ovšem důkazy o tom zcela chybí.
Prvním farářem v Klapém byl farář Michal, kterému v roce 1381 daroval Vilém Zajíc z Házmburka dvě kopy platu ročního na věčnost. (Paprocký – O stavu panském str.75)
V roce 1400 prodali synové Viléma Zajíce, Zbyněk, Mikuláš, Jaroslav a Jan dědictví po otci, včetně práva podacího kostelního v Klapém, svému bratru Oldřichovi Zajíci z Házmburka.
Z těchto dob je znám druhý klapský farář Ondřej.
14.ledna roku 1415 presentoval Vilém Zajíc z Házmburka, který převzal majetek po bratru Oldřichovi, do Klapého nového faráře, shodou okolností znovu Ondřeje, bývalého faráře v Počedělicích.
26.dubna roku 1493 kostel znovu vysvětil, na žádost Jana Zajíce z Házmburka a Kosti, Benedikt baron Waldstein - biskup Kamenský. Až do poloviny 19.století byl o této události na zdi vedle hlavního oltáře na straně epištoly černě napsaný Anno domini MCCCCXCIII . XXVI Aprilis
Reverendissimus in Christo Pater et Dominus D. Benedictus
Dei Gratia episcopus Caminensis et Baro
de Waldstein chorum istum et altaria de novo consecravit et ecclesiam reconciliavit. Ad instantiam generosi et magnifici Domini D. Joannis Leporis cognominati de Hasnburg et Cost etc. consanguinei sui. Item hoc altare consecratum
est in honorem sancti Joannis Baptistar.

latinský nápis.

Došlo pravděpodobně k znesvěcení kostela, možná za husitských válek. Kostel byl vysvěcen ke slávě sv.Jana Křtitele. Zde můžeme podotknout, že před tímto vysvěcením byl kostel zasvěcen zcela jinému světci. Zde však jakékoliv údaje chybí.
Z této doby, z roku 1493, pochází i skládací dřevěný, vyřezávaný a malovaný, oltář, který je dnes uložen v muzeu v Litoměřicích.

V roce 1558 skončila slavná éra panování Zajíců z Házmburka. Kryštof Zajíc prodává panství Janu nejstaršímu z Lobkovic.
V polovině 16.století byl farářem v Klapém Jiřík Pamphylus z Poličky, který po těžké nemoci zemřel v úterý 31.října roku 1564 v klášteře sv.Anežky v Praze.
Ve stížnosti libochovického faráře Václava na svého kaplana z roku 1574 se dovídáme jméno dalšího Klapského faráře – děkana Jeremiáše Brodeckého.

Ovšem již v roce 1595, kdy již byla obec a celé panství zabaveno Jiřímu Popelovi z Lobkovic za spiknutí proti císaři, můžeme nalézt v listině, kterou napsali faráři z libochovického panství arcibiskupu Zbyňkovi Berkovi z Dubé ohledně předpokládaného prodeje panství nekatolickému pánu, jméno Klapského faráře Silvestera Jiljího ze Strakonic.
V roce 1598 byl kostel nově vymalován na Nápis na klenbě presbytáře:
"Léta Panie 1598 tento chrám Boží wimalowan gest nakladem Silvestra Egidia z Katerziny Wawrowi ze wsy Sedlce"

náklady Kateřiny Vávrové ze Sedlce.
Vymalován byl ještě v roce 1601 a to na Nápis na klenbě presbytáře:
"Leta Panie 1601 wimalowan gest nakladem Silvestra Egidia ze Strakonicz".

náklady faráře Silvestra.

Z důvodu nedostatku katolických kněží po třicetileté válce se kostel stal po roce 1623 filiálním kostelem ke kostelu v Libochovicích.
V roce 1676 prodává Václav Vojtěch ze Šternberka libochovické panství Gundakaru z Dietrichsteina. Po celou dobu jeho vlády na panství zastával farní úřad v libochovické farnosti Duchoslav Ignác Mitis, který administroval kromě fary Libochovické i Chotěšovskou, Klapskou, Křesínskou a Solanskou bez kaplana.
Až do konce roku 1708 se na klapské farnosti střídali duchovní z Libochovic. 9.ledna roku 1709 nastoupil na libochovickou farnost Václav Vojtěch Henniger rytíř ze Seebergu. Ten okolo roku 1710 nechal přistavět přední stranu Klapského kostela a opravit farní budovu.
V roce 1761 byl slánským sochařem Arnoštem Linkou zhotoven za 70 zlatých rokokový oltář se soškami národních světců sv. Ludmily a sv. Václava.
27.června roku 1774 obdržel další z libochovických farářů Erazim Ferdinandi od biskupa povolení, že může do kostela v Klapém natrvalo ustanovit kaplana co by expozitu. Prvním známým expozitou v Klapém byl P.František Žák. Jemu následoval v roce 1806 P.Josef Huschner.
V roce 1779 byl kostel kompletně opraven.
Expozita klapský vedl duchovní správu v Ječanech, Klapém, Lkáni, Loukohořanech, Sedlci, Solanech a ve Vojničkách.
V čase uprázdnění libochovické fary žádali expozitové P. Josef Huschner v Klapém a P. Vácslav Krolmus v Křesíně, o pozdvižení svých expozitur na fary, jejich žádosti byly však guberniálním dekretem z dne 20. října 1826 č. 53200 zamítnuty.
Po roce 1826 nechává libochovický farář Ignác Michael znovu opravovat farní budovu. Dalšími expozity v Klapém byli P.Jan Černý a po něm Josef Petrich z Třebenic. Jeho následoval P.Jan Drbohlav.
Po roce 1830 se přestalo pohřbívat kolem kostela, v roce 1836 byla postavena ohradní zeď kolem nového hřbitova a byly sem převezeny na 40 vozech kosti pohřbených ze starého hřbitova.
Okolo roku 1840 byla postavena kostelní věž a byly na ni přemístěny zvony, které byly dříve zavěšeny ve dřevěné zvonici, stojící u budovy kostela a která byla po dostavění kostelní věže zbořena.
V roce 1842 byl na věži instalován hodinový stroj zhotovený za 160 zlatých kovářským tovaryšem Janem Kristenem, který pracoval u kováře Antonína Riedba v Dlažkovicích.
V roce 1847 nastoupil expozituru P.Karel Zima.
V roce 1851 podala obec Chotěšov spolu s obcí Černiv žádost o zřízení fary u chotěšovského kostela. Zároveň s touto žádostí podali expozité P.Karel Zima a P.Antonín Černý o pozdvižení expozitur na fary v Klapém a Křesíně. 4.listopadu téhož roku byla ustanovena komise ve složení:
“P. Michael Feresch, biskupský vikář a farář Třebenický
Arnošt Kaubek, komisař c. k. okresního hejtmanství v Slaném
František Sýkora c. k. berní okresu Libochovického co patronátní komisař
administrátor P. Josef Ehl
starostové obcí: z Chotěšova Faust
z Křesína Podaný
z Klapého Lizl
Ignác Tomec co protokol vedoucí.”
V zápisu komise bylo uvedeno, že:
„Dokázáno jest, že v Chotěšově, v Klapým a v Křesíně od času nepamětných až do třicetileté války samostatní farářové pozůstávali, potom ale pro nedůstatek kněžstva administrací těchto far svěřena jest faráři Libochovickému, a konečně starou fassí z archivu Pražské konsistoře též dokázáno, jaké příjmy z poli, z desítku atd. každé z těchto jednotlivých far náležely“.
Obce Chotěšov a Černiv se zavázaly postavit novou farní budovu.
Ke zřízení farností skutečně došlo v únoru roku 1852 a na faru Klapskou byl povýšen dosavadní expozita P. Karel Zima.
V roce 1877 patřily ke klapské farnosti obce Klapý, Lkáň a Sedlec.
Farář Josef Javůrek v roce 1887 nechal přestavět farní budovu do dnešní podoby a přistavěl k ní i vedlejší hospodářské stavení. Protože však utratil mnoho peněz, znelíbil se konzistoři a byl odvolán.
Na jeho místo nastoupil farář Václav Slavík, který se později stal kanovníkem a kancléřem diecéze.
Za první světové války se podařilo zachránit dva zvony z kostela, na základě písemné žádosti, s poukazem na to, že jsou památné. Zrekvírován byl pouze nejmenší zvon, z roku 1742, který byl v roce 1918 nahrazen železným. Pro vítězství rakouských vojsk úřady zabavily píšťaly z varhan v kostele.
Poslední klapský farář P.Josef Mazal zemřel v roce 1966. Od této doby se kostel opět stal filiálním k libochovické diecézi. Farní budova byla navždy opuštěna.
V osmdesátých letech byl nešetrným způsobem zazděn již nefunkční hodinový stroj.
Kostel byl nově opraven a znovu vysvěcen v roce 1992.
Opravený hodinový stroj byl spuštěn 9. června roku 2000, zrestaurované věžní hodiny se všemi systémy byly předány 24. června 2000.
Na trám nad hodinovým strojem byla osazena mosazná cedulka s nápisem:
VĚŽNÍ HODINY ZRESTAUROVALI AK. SOCHAŘI PETR A MELANIE SKÁLOVI ZE SADSKÉ ČERVEN 2000.

zpět        vpřed